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引起2019新型冠狀病毒肺炎的病原體SARS?CoV?2（新型冠狀病毒）仍在世界范圍內大規(guī)模流行?！恫《緦W報》網絡首發(fā)論文在線發(fā)表了來自中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所許文波研究員的綜述文章，介紹了目前世界范圍內共享和分析新型冠狀病毒基因組序列的三種的網絡平臺和四種常用基因分型方法，簡稱為“中國分型法”、 “Pangolin 分型法”、“GISAID 分型法”和“Nextstrain 分型法”，這些成果便于全世界的研究人員選擇合適的分型方法對序列進行基因分型，進一步研究其進化動力、傳播鏈、基因組溯源的地域和流行病學信息等。
用于共享和分析 SARS?CoV?2 基因組序列的三個網絡平臺
全 球 共 享 流 感 數 據 庫（Global Initiative on Sharing All Influenza Data， GISAID）（https：// www.gisaid.org）
GISAID旨在促進所有流感病毒序列、與人類病毒有關的相關臨床和流行病學數據與禽和其他動物病毒有關的地理以及物種特定數據等數據的共享。
Nextstrain（https：//nextstrain.org）
Nextstrain 是目前全球最通用的SARS?CoV?2序列信息 可視化平臺。可直觀地展示SARS?CoV?2的進化樹，突變位點及個數，操作簡單易懂，操作界面清晰美觀。
CoV?GLUE（http：//cov?glue.cvr.gla.ac.uk）
CoV?GLUE主要提供兩大功能領域：允許用戶瀏覽SARS?CoV?2 宏基因組允許用戶將他們自己的SARS?CoV?2序列提交到網站以獲取列的變異信息氨基酸替換和編碼區(qū)缺失或插入的數據。
Nextstrain 網站全球 SARS?CoV?2 進化信息的可視化頁面（https：//nextstrain.org/ncov/global）
SARS?CoV?2 四種常用基因分型方法
01
L與S基因型與進一步的家系（lineage）劃分（中國分型法）
根據不同 SNP 定義將 S 和 L 型別 進一步劃分為家系如下圖：此分型法為目前中國最通用的方法，因此在本文中簡稱為中國分型法。
02
A，B 主 分 支 為 基 礎 的 詳 細 進 化 分 支（lineage）劃分(Pangolin 分型法）
Pangolin，為穿山甲之意，因此也簡稱為Pangolin分支。學者還可以根據劃分分支的依據自己劃分并提交某一分支。此分型方法也為目前通用的方法之一。如下圖所示。
03
以突變位點實際字母命名的進化簇（cluster）劃分（GISAID分型法）
此分類方法為目前國際較為通用的方法之一，在本文中簡稱為GISAID分型法。GISAID中95%的SARS?CoV?2數據目前可以歸入7個大小平衡的簇：S 簇、L 簇、V 簇、G 簇、GH 簇、GR 簇、GV 簇如下圖。
04
以病毒出現(xiàn)的年份?字母順序命名的的進化簇（clade）劃分（Nextstrain分型法）
按病毒估計出現(xiàn)的年份順序和字母順 序命名主要的簇，例如主簇 19A、19B、20A。這樣命名可以每年更新，并減少字母的使用帶來命名的混亂。此分型方法也為目前國際較為通用的方法之一，如下圖。
SARS?CoV?2中國分型法與三種國際分型法的大體對應關系
截至到2020年11月3日，COVID ?19疫情仍舊在世界范圍內持續(xù)暴發(fā)，隨著GISAID上SARS?CoV?2基因組序列的不斷增多，學者們對其分型仍在不斷細化和完善。在COVID?19大流行得到有效控制時，國際上應整合完善并使用統(tǒng)一的分子分型方法，便于全球追蹤SARS?CoV?2的各個型別流行的地理區(qū)域和傳播路線，為有效阻斷傳播提供清晰的基因組分子分型溯源依據。